2016年11月11日，南通大学刘东实验室和复旦大学王永明实验室在线发表在《细胞研究》（Cell Research）的研究结果表明，他们设计的NgAgo-gDNA系统并没有在斑马鱼上表现出基因编辑的功能，而是敲低（knock down）对应的基因表达，从而引起斑马鱼眼睛的发育缺陷。

　　对于以上现象，“我们猜测，NgAgo可能切割的是RNA而不是DNA”，Jin-Soo Kim说。

　　接下来的研究结果支持了Jin-Soo Kim等人的猜测。Jin-Soo Kim的这篇文章称，他们的实验结果可以解释这些现象，特别是在刘东的论文中发现NgAgo的三个突变体（D663A， D738A， and D663A/D738A）与野生型具有相同的表型，Kim等发现这三个突变体并不能影响NgAgo的酶活性，侧面呼应了刘东等在斑马鱼体内的实验结果。

　　“Kim今天发表的文章的关键内容，其实我们也预测到了，在我们的《细胞研究》的文章发表之前，我们就曾推测RNA是NgAgo-gDNA系统下调基因的原因之一，但是我们没有拿到直接的证据。”刘东告诉《知识分子》。

　　刘东等人之前的研究还发现，即使介导DNA与mRNA的序列相同，也是存在基因下调活性的，只是活性比较低。Kim的结果只能解释gODNs与RNA反向互补的情况。不过，这与Kim等人的发现并不矛盾，刘东说，他推测这可能是因为DNA介导的NgAgo还会与靶基因结合，抑制了目标DNA的转录造成的。

　　“我们的文章发出来以后，也觉得仍然有一些有趣的东西没有研究清楚，所以我们也在进一步探索。”刘东说。

　　NgAgo基因编辑结果可重复性争议

　　NgAgo属于被称为Argonaute的一类蛋白质，因为其存在于格氏嗜盐碱杆菌（Natronobacterium gregoryi）中而得名。这类蛋白质最早在1995年就报道，并发现它们在RNA干扰中发挥重要作用。在韩春雨等人的论文中， NgAgo被认为可以通过以DNA为向导，实现对靶基因的基因编辑。

　　2016年11月15日，北京大学魏文胜等20位国内外实验室的负责人在学术期刊《蛋白质与细胞》（Protein&Cell）刊登来信，表示无法重复韩春雨的NgAgo实验结果，对NgAgo能否进行基因组编辑提出疑问。

　　接下来的11月28日，本文作者Jin-Soo Kim等10位科学家在《自然-生物技术》发表了使用NgAgo无法检测到基因组编辑效果的来信。

　　去年11月底，《自然-生物技术》表示，针对韩春雨等人NgAgo论文结果的调查将于2017年1月底之前完成，届时将公布最新进展。

　　今年1月19日，《自然-生物技术》在回应澎湃新闻时表示，期刊获得了与NgAgo系统可重复性相关的新数据，在决定是否采取进一步行动之前，还需要调查研究这些数据。

　　同一天，河北科技大学官网的一条新闻称，NgAgo-gDNA基因编辑技术工具在诺维信公司的真菌表达系统中已经展现出潜力，诺维信公司与河北科技大学基因编辑技术研究中心在上述技术的合作研发和产业化应用方面签署了合作协议。

　　据澎湃新闻报道，诺维信表示已经测试了该项技术，“看到了其可能有用的一些迹象，但目前仍处于非常初期的阶段”，还需要大量的工作才能确定该项技术是否适用于他们的业务，但未回应是否重复韩春雨等人发表在《自然-生物技术》的论文结果。

　　韩春雨未对Kim等人贴在BioRxiv的这篇文章置评。

　　“到目前为止，还没有证据证明（DNA介导的）NgAgo能够进行基因组编辑，我指的是单链或双链DNA的编辑，切割或修饰。”魏文胜说，对韩春雨等人利用NgAgo-gDNA编辑基因组的文章的质疑仍然存在。